O. militaris est resté dans le genre Orchis, après le découpage du genre, c’est même l’espèce-type du genre Orchis (son nom latin lui a été donné par Linné lui-même en 1753).
L’Orchis militaire se distingue bien de l’Orchis pourpre par la couleur des sépales, qui au lieu d’être grenat, sont d’un lilas pâle presque bleuté. Génétiquement, les deux espèces sont très proches et elles s’hybrident souvent (l’hybride porte le nom de Orchis x ) ; la fréquence de cette hybridation est même un problème pour le maintien d’O. militaris dans ses stations auvergnates, où les hybrides avec O. purpurea finissent parfois par être plus nombreux que les individus d’O. militaris génétiquement purs : l’espèce rare est génétiquement « dévorée » par l’espèce commune.